Junto aos vales e encostas mais húmidas da Bio-Reserva Senhora da Alegria, o castanheiro (Castanea sativa) e o carvalho-alvarinho (Quercus robur) dominam o estrato arbóreo, acompanhados pontualmente por borrazeiras-pretas (Salix atroccinerea), ulmeiros (Ulmus minor) e pelos já escassos olmos (Ulmus glabra).

No seu sub-bosque abundam loureiros (Laurus nobilis), viburnos (Viburnum tinus) e aveleiras (Corylus avellana). Surgem também o feto-real (Osmunda regalis), a gilbardeira (Ruscus aculeatus) e o selo-de-Salomão (Polygonatum odoratum).

Na parte superior da encosta, mais exposta e seca, prevalecem os matagais mediterrânicos, onde sobreiros (Quercus suber) e carvalhos-portugueses (Quercus faginea) são acompanhados por medronheiros (Arbutus unedo), urzes-arbóreas (Erica arborea) e adernos (Phillyrea latifolia).